独眼男孩久保（阿特·帕金森ArtParkinson配音）和身体孱弱的母亲过着相依为命的日子。白天，久保靠着给村民们讲述怪力乱神的精彩故事赚钱，天一黑，他就必须回到家中照顾母亲。一天，久保回家晚了，曾经夺走了久保一只眼睛的邪恶姐妹（鲁妮·玛拉RooneyMara配音）来到久保家，企图夺走他的另一只眼睛。在混战中，久保的母亲死去了，死里逃生的久保被迫离开村庄，在外流亡。久保得知父亲去世之前留下了一副能够保护久保不受到邪恶姐妹和其父亲月神（拉尔夫·费因斯RalphFiennes配音）侵害的盔甲，于是决定启程寻找它。路上久保偶遇了失忆巫师甲壳虫（马修·麦康纳MatthewMcConaughey配音），甲壳虫也加入了久保的队伍中。

在封建日本，一个名叫久保的只有一只眼睛的12岁男孩在村庄附近的山洞里照顾生病的母亲。他通过用三味线的音乐为村里的人们神奇地操纵折纸谋生，讲述他失踪的武士父亲半藏的故事。久保永远无法完成他的故事，因为他不知道半藏发生了什么事，而他的母亲由于精神状态恶化而无法回忆起结局。他的母亲警告他天黑后不要留在外面，因为她的姐妹卡尔土和鹫，以及他的祖父月亮王（在他还是婴儿时夺走了他的一只眼睛）会找到他并夺走他剩下的一只眼睛。

有一天，久保得知村里有盂兰盆节，允许他们与已故亲人交谈。久保出席了，但对半藏没有从灯笼中出现感到生气，并忘记在日落前回家。卡尔土和鹫很快找到了他并攻击了他，但他的母亲突然出现并用她的魔法将久保送出了很远的地方，告诉他找到他父亲的盔甲。

久保在遥远的地方醒来，发现他的木制雪猴护身符“猴子”复活了。猴子告诉他，他的母亲去世了，村庄也被毁了。在以久保父亲为原型的折纸人物“小半藏”的帮助下，他们开始寻找盔甲。一路上，他们遇到了甲虫，一位失忆的武士，他被诅咒变成了锹虫/人类的混血儿，但他相信自己是半藏的学徒。

久保、猴子和甲虫从一个由巨型骷髅守卫的洞穴中夺回了“坚不可摧之剑” 。他们乘坐木叶船横渡长湖，寻找水下深处的“胸甲坚不可摧”。久保和甲虫游到下游去取回它，并遇到了一种海怪“眼睛花园”，它首先用它的许多眼睛向受害者展示秘密的幻象来吸引他们，然后在他们分心时吃掉他们。久保被这个生物的视线所吸引，但在着迷的同时，他意识到猴子是他母亲的转世灵体。甲虫救出了昏迷不醒的久保并获得了胸甲，但回到船上后，他们发现猴子在与卡尔土的战斗中受了重伤。

他们上岸恢复，悟空解释说她和她的姐妹们奉月亮王的命令杀死半藏，但她却爱上了他，月亮王将她视为敌人。那天晚上，久保梦见了一位盲人老人，老人指引他前往半藏废弃堡垒中的“无敌头盔”。第二天他们前往那里，但意识到这是月王和鹫设置的陷阱，为时已晚，后者透露甲虫就是半藏，他们诅咒半藏带走了他们的妹妹，并杀死了半藏。悟空牺牲了自己，为久保赢得了使用三味线击败和纸的时间，折断了纸上三根弦中的两根。小半藏向久保透露，头盔实际上是村庄里的钟声，久保拉断了最后一根绳子，迅速前往那里。

在村庄里，久保遇见了梦中的老人，他被揭露为月亮王。他提出要夺走久保的另一只眼睛，让他永生，但久保拒绝了。月王变身为一条像邓氏鱼一样的巨龙——月兽，追赶久保和剩下的村民进入其墓地。当盔甲被证明无效时，久保将其脱下，并用母亲的头发、父亲的弓弦和自己的头发重新拉紧三味线。他用这件乐器召唤了村民亲人的灵魂，这些灵魂向月亮王展示了记忆是最强大的魔法，永远无法被摧毁。久保和灵魂的魔法保护自己和村民免受月亮王的侵害，剥夺了他的力量，让他成为一个没有任何记忆的凡人。在久保的故事的刺激下，村民们选择了同情心，并告诉他他是一个具有许多积极品质的人，并接受他进入村庄。在随后的苯教仪式上，久保能够与父母的鬼魂交谈，因为他们看着已故村民的灯笼变成金色的苍鹭并飞向精神世界。